تتحدث دراما “اليابان الأسود” عن “كيوهارو يوسا” من قسم شرطة العاصمة في طوكيو، محقق بارد الأعصاب ومسؤول عن جبهة التحقيق وسيفعل كل ما يلزم لتحقيق أهدافه. ذات يوم عندما استيقظ في غابة، وجد مسدسًا في يده اليُمنى وجثة محققة ترقد بجانبه… تلك المرأة كانت رئيسته، فهل قتلها أم تم الإيقاع به من شخصٍ ما؟ يفقد عدّة أشهر من ذاكرته، وأصدقاءه تحوّلوا إلى أعداء بين ليلةٍ وضحاها وتتم ملاحقته كمشتبهٍ به في جريمة قتل.