تتحدث دراما “المفتش الملكي السري” عن “سونج يي كيوم” الحاصل على أعلى الدرجات في إختبار الدولة في عهد جوسون. وهو يعمل في قسم البحث والإدارة بمكتب الحكومة، وتم القبض عليه وهو يقامر. وكعقاباً له تم تكليفه بمنصب جديد كمفتش ملكي سرّي للتحقيق في أعمال الفساد الخاصة بالمسؤولين. ينفذ “يي كيوم” وظيفته الجديدة بمساعدة “هونج دا إن” التي تعمل مفتشة، وكذلك “بارك تشون سام”، وهو خادمه الثرثار ولكنه رقيق القلب.